·
PENGERTIAN BIOINFORMATIKA
Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan
teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informas biologis.
Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika,statistika dan
informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan
menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi
yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis
data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur
protein maupun struktur sekunder
RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
·
SEJARAH BIOINFORMATIKA
Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika
untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino
serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini
meliputi basis data
untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence
alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein
maupun struktur sekunder RNA,
analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen (Attwood, T.K., dan
D.J. Parry-Smith. 1999. ).
Istilah bioinformatics mulai dikemukakan
pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer
dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika
(seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma
untuk analisis sekuens biologi) sudah
dilakukan sejak tahun 1960-an (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999. ).
Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an)
dan asam nukleat
(sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens
biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir
1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory,
Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing
DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya
ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an,
menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan
kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan
lahirnya bioinformatika (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999. ).
Perkembangan internet
juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang
terhubung melalui Internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke
dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan
analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui Internet
memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan
pengembangannya (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
·
CABANG
CABANG YANG TERKAIT DENGAN BIOINFORMATIKA :
1.Biophysics
Sebuah
bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik dari ilmu
Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical
Society).
2.Computational
Biology
Computational
biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas)
yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
3.Medical
Informatics
Menurut
Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical
informatics adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan
sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan
algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
4.Cheminformatics
Cheminformatics adalah
kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining
yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech
Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference).
5.Genomics
Genomics adalah
bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang
paling kasar.
6.Mathematical
Biology
Mathematical
biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang
digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak
perlu diimplementasikan dalam software maupun hardware.
7.Proteomics
Istilah
proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan dari
protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom.
8.Pharmacogenomics
Pharmacogenomics
adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari
target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom untuk penerima
yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika
9.Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah
bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode
genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik,
contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik dari profil
respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi tersebut untuk
memberitahu administrasi dan pengembangan terapi pengobatan.
Beberapa aplikasi bioinformatika
1.Transformasi sekuen menjadi
informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam
bentuk gen komplit, atau fragmen, yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk
mencari potensi terhadap gen tersebut.
2.Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap
penyakit tertentu dapat diketahui, sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba
untuk menawarkan produknya.
3.Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat
beragam, bergantung pada ekspresi gen tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat
berupa transgenik, terapi genetik, atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan
geneik lainnya.
